In november 1941 verschenen de eerste Duitse 'jodenverordeningen' waardoor een tiental leden geen lid van de vereniging kon blijven. Joden mochten van de bezetter niet langer deelnemen aan concerten in openbare ruimtes.
Als protest tegen deze smaad verliet een aantal niet-joodse leden het orkest. Daarnaast waren meerdere leden ten gevolge van het bombardement op de stad naar elders vertrokken. De dirigent liet weten dat het hem niet mogelijk was onder deze omstandigheden verder te werken met Symphonia. Wel werd nog enige tijd onder zijn leiding gerepeteerd met de Joodse leden van het orkest ten huize van voorzitter De Vries in de Groenlandstraat, maar ten slotte kon ook dat niet meer en zo werd voor Symphonia het tijdperk Van Lier afgesloten.
Het bestuur bevond zich in een netelige positie omdat het voortbestaan van Symphonia op het spel stond. Secretaris Frits Pot jr. - de latere initiatiefnemer van het naoorlogse Groothandelsgebouw - deed een beroep op de leden om het voor opheffing te bewaren:
Onze vereeniging bestaat tachtig jaar.... Veel moeilijkheden onder meer in ongeveer 1928: er kwam een voorschrift van het Episcopaat, dat Roomsch-Katholieken niet meer lid mochten zijn van een Vereeniging , tenzij deze uitsluitend Katholieken bevatte. Dit kostte ons leden, ik herinner mij er enkele nog zeer goed. Deze wilden graag blijven, maar mochten niet van Hoogerhand... Niemand dacht er over na om de Vereeniging nu maar te liquideeren... wij werkten door, ook zonder R.K. leden. Van 1917 tot 1936 stonden we onder dwang met betrekking tot de stukken die we spelen mochten in verband met Auteursrechten. Maar we dachten niet aan opgeven.4)